1997. Les milices armées liées au trafic de drogue contrôlent les favelas de Rio. Rongée par la corruption, la police n'intervient plus sur le terrain. Les forces d'élite du BOPE (Bataillon des opérations spéciales de police) sont livrées à elles-mêmes dans leur lutte sans merci contre les trafiquants. Mais le maintien de l'ordre a un prix : il est de plus en plus difficile de distinguer le bien du mal, de faire la différence entre l'exigence de justice et le désir de vengeance.
Le Capitaine du BOPE Nascimento est en pleine crise : en plus de risquer sa vie sur le terrain, il doit choisir et former son successeur, dans l'espoir de quitter cette vie de violence et de rester auprès de son épouse, qui s'apprête à donner naissance à leur premier enfant.
Neto et Matias, deux de ses recrues les plus récentes, sont amis d'enfance : l'un est un as de la gâchette, l'autre refuse de transiger sur ses idéaux. A eux deux, ils seraient parfaits pour le poste. Séparément, il n'est pas sûr qu'ils puissent s'en tirer vivants...
Le récit de TROUPE D'ELITE est basé sur les 19 ans que le scénariste Rodrigo Pimentel a passés comme officier dans la police militaire puis comme Capitaine au sein du BOPE.
